Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di Politeknik Negeri Nunukan merupakan pilar utama dalam membangun budaya mutu yang berkelanjutan di lingkungan kampus. SPMI adalah bagian dari komitmen institusi untuk memastikan seluruh proses pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat berjalan sesuai dengan standar yang ditetapkan, serta terus mengalami perbaikan dari waktu ke waktu.

Politeknik Negeri Nunukan terus melakukan pemantauan dan evaluasi terhadap mutu akademik dan non-akademik, serta mendorong setiap unit untuk berperan aktif dalam menjaga dan meningkatkan kualitas layanan pendidikan tinggi.