Politeknik Nunukan yang sebelumnya di bawah binaan Politeknik Negeri Samarinda kini telah berubah status menjadi negeri. Status hukumnya berdiri sendiri tidak lagi mengikuti Politeknik Negeri Samarinda.\\r\\n\\r\\nPerubahan status ini, setelah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemendikbud) Republik Indonesia mengeluarkan Surat Keputusan (SK) Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 42 tahun 2020 tanggal 24 September 2020 tentang Pendirian, Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Negeri Nunukan.